1999年9月9日，随着"国际人类基因组计划 1% 项目"的正式启动，北京华大基因研究中心在北京正式成立。华大基因坚持“以任务带学科，带队伍，带产业”，先后高效率、高质量的完成了人类基因组计划“中国部分”（1%）、国际人类单体型图计划（10%）、水稻基因组计划、家蚕基因组计划、家鸡基因组计划、抗SARS研究、炎黄一号等多项具有国际先进水平的科研工作，为中国和世界基因组科学的发展做出了突出贡献，奠定了中国基因组科学在国际上的领先地位，在《Nature》和《Science》等国际一流的杂志上发表多篇论文；同时建立了大规模测序、生物信息、克隆、基因与健康等技术平台，其测序能力及基因组分析能力位居世界前列。
在大科学工程和产业发展的过程中，华大基因凝聚、锻炼、考验并培养了一批年轻的优秀骨干，拥有一支包括国际学术专家和产学研各界精英在内的高级顾问队伍，打造了华大良好的国内外形象，建立了良好的国内、外合作关系，以诚信、成绩和高度社会责任感得到了政府、企业及合作伙伴的理解和支持。
